ВОЗ разработала общие принципы, которыми следует руководствоваться при выборе МНН для активных фармацевтических субстанций (General Principles for Guidance in Devising International Nonproprietary Names for Pharmaceutical Substances, впервые опубликованы в: WHO Technical Report Series, No. 581, 1975). В современной редакции с ними можно ознакомиться в тех же источниках, в которых приведена процедура выбора МНН.

В соответствии с этими принципами МНН должны иметь характерное четкое написание и звучание, быть достаточно короткими, не иметь сходства с другими общепринятыми названиями, по возможности содержать общий корень, указывающий на принадлежность к определенной фармакологической группе (а для субстанций, представляющих новую фармакологическую группу, — учитывать удобство присвоения МНН последующим представителям этой группы) и некоторые другие характерные особенности. Предусмотрены также правила, облегчающие международное использование МНН благодаря упрощению их написания и звучания на разных языках.

Примером использования в МНН общегрупповых (генерических) корней и присоединяемых к ним различных префиксов может служить латинский корень «-tidinum» для субстанций, относящихся к группе антагонистов Н2-рецепторов: «cimetidinum», «ranitidinum», «famotidinum», «nizatidinum» или корня «-prazolum» для ингибиторов протонного насоса: «omeprazolum», «pantoprazolum», «lansoprazolum» и проч. В настоящее время в серии опубликованных ВОЗ МНН, имеющих общий корень «-ololum» (для блокаторов b-адренорецепторов) имеется около 100 активных субстанций (пиндолол, надолол, метопролол, атенолол и т.д.).