Прошло достаточно много времени, пока обучение будущих фармацевтов основам профессии стало отдельной специальностью и потребовало создания специализированных лечебных учреждений. В них студенты изучали все известные на тот момент способы получения и обработки лекарственных средств, а также свойства химических элементов и соединений, необходимых для получения того или иного препарата. По всей Европе открывались десятки и сотни частных школ и политехникумов , руководителями и владельцами которых нередко становились авторитетные аптекари.
Первые учебные заведения, готовящие провизоров, были открыты в Монпелье (юг Франции), Падуе, Барселоне (Испания) в середине XVI века. В это же время в Падуе создается ботанический сад с огромной коллекцией лекарственных растений, положивший основу для преподавания в Падуанском университете фармакогнозии - науки о лекарственных растениях. Наиболее полные и регламентированные методические рекомендации по созданию аптек и тому, что мы сегодня называем фармацевтическим менеджментом , были созданы в конце XVII - начале XIX вв. В этот же период основываются и общественные ассоциации фармацевтов - Obercollegium Medicum et Sanitatis в Берлине в 1796-м, Societe libre des Pharmacients в Париже и Королевская аптекарская школа в Лондоне в 1842 г. К середине XIX века медицина и производство лекарственных средств начинают понемногу выделяться в отдельные направления. Для фармацевтов создаются специальные кафедры в университетах, в разных странах и городах формируются специальные своды законов и правил, регулирующие как их профессиональную подготовку, так и практическую деятельность. Обучение будущих аптекарей в университетах впервые практикуется во Франции и Англии в начале XIX столетия. Первоначально основной упор делался на приобретение знаний и практических навыков в производстве и использовании лекарств. Однако, постепенно курсы начали включать все больше теоретических дисциплин. Это было связано с тем, что на протяжении последующих десятилетий аптеки постепенно утрачивали производственные функции и все более концентрировались на продаже медикаментов и консультировании пациентов. Ученые врачи получали образование в университетах или медицинских школах. Врач должен был уметь ставить диагноз больному, основываясь на данных осмотра и исследовании мочи и пульса. Считается, что главными методами лечения были кровопускание и очищение желудка. Но средневековые врачи с успехом применяли и медикаментозное лечение. Были известны целебные свойства различных металлов, минералов, а главное - лекарственных трав. В трактате Одо из Мена О свойствах трав (XI в.) упоминается более 100 целебных растений, среди которых полынь, крапива, чеснок, можжевельник, мята, чистотел и другие. Из трав и минералов, при тщательном соблюдении пропорций, составлялись лекарства. При этом количество компонентов, входящих в то или иное снадобье, могло доходить до нескольких десятков - чем больше целебных средств использовалось, тем действеннее должно было быть снадобье.