Позднее средневековье было наполнено ожесточенной борьбой за монопольное право заниматься весьма прибыльным аптечным делом, в которой конкурирующие стороны стремились привлечь на свою сторону официальные власти, не гнушались доносами, организацией «накатов» и другими вполне современными средствами. И уже тогда неполнота и противоречивость «нормативно-правовых актов» давали возможность находить лазейки в запретах:

«Повелением Людовика XII в июне 1514 г. произошло разделение бакалейщиков от аптекарей. Согласно этому повелению аптекари могли быть и бакалейными торговцами, но бакалейщики уже не могли быть аптекарями. Впрочем, неясность выражений в этом приказе способствовала возникновению оживленной борьбы между обеими корпорациями в видах решения вопроса, где оканчивается продажа медикаментов и где она начинается. В 1655 г. аптекарям запретили быть бакалейщиками. Эти пререкания еще не закончились, как уже возникли новые, и на этот раз уже с врачами, которые хотели подчинить аптекарей своим правилам».

К XVIIIв. положение аптек и социальный статус аптекарей значительно повысился. Принцип монополии аптек, который соблюдался практически повсеместно, обеспечивал высокие прибыли. Аптекари, как правило, занимали почетные места в органах городского самоуправления, особенно в странах Центральной Европы. Аптеки располагались в центрах городов, имели характерные вывески или специальные знаки, которые приобретали характер аптечных гербов, закрепляемых за аптеками специальными рескриптами. Интерьеры аптек приобрели в Европе более или менее унифицированный характер. Стены торгового зала аптеки занимали полки, открытые или застекленные, на которых размешались банки с аптечным сырьем, альбарелло, графины или бутыли. Отличительным знаком аптеки стали чучела крокодилов, подвешенные под потолком, а также экзотические предметы, вроде витого рога, якобы принадлежащего мифическому животному единорогу. Из таких рогов, как полагали, можно было изготовить чудодейственные лекарства. На самом деле эти рога принадлежали морским животным - нарвалам, неизвестным в Европе. Некоторые из аптек с оборудованными лабораториями, складами и торговыми помещениями оценивались в значительные суммы и владение ими или приобретение придавало их владельцам значительный вес в местном обществе.

В конце 18-начале 19 века - в эпоху французской буржуазной революции и наполеоновских походов - возникли стимулы для развития химии и фармации: бурное развитие промышленности, давление военных потребностей. Например, нужна была кожа чтобы обуть 500 000 призывников, а кожевенные заводы с их дубильными ямами не могли подготовить кожу к нужным срокам. Фуркруа изучил процесс дубления кож и открыл метод, позволяющий произвести в течении нескольких дней те операции, которые раньше требовали нескольких лет. В связи с конкурсом Французской академии на лучшее освещение Парижа Лавуазье производит опыты над освещением и горением и открывает состав воздуха и закон сохранения вещества. Военный фармацевт Кавенту во время пребывания с войском в Голландии, изготовил для солдат мыло из маслянистых отбросов и золы, разработал методы очищения воды для снижения заболеваемости в войсках. Чтобы заменить дефицитное во время войны коровье масло, фармацевт Меж-Мурье разработал производство маргарина. В это время активно создавались общества содействия промышленности и выставки для той же цели, изменились стандарты подготовки специалистов для промышленности. Возникло и фармацевтическое общество.
В последней трети 19 века стала создаваться фармацевтическая промышленность и аптеки стали превращаться в торговые учреждения по продаже в основном патентованных средств, получаемых от различных фирм. Первые заводы Боме по производству нашатыря и Пеллетье - хинина дали толчок для дальнейшего развития производств. Аптекарь Мерк в Дармштадте в 1827 году заложил основу фабричного производства морфина, наркотина, хинина, стрихнина и др. растительных продуктов. Из аптечных лабораторий образовались фирмы Шеринг (Германия), Берроус-Велком (Англия), Парк-Дэвис (Америка).